Secara geografis letak Indonesia sangat dekat dengan Australia. Lokasi yang berdekatan memberikan manfaat dalam perdagangan, karena biaya transportasi lebih murah daripada berdagang dengan negara yang letaknya jauh. Bagi Australia, Indonesia adalah tetangga Australia yang terdekat.
Menurut Lembaga Australia Indonesia (AAI), hubungan antara kedua negara ini mempunyai sejarah yang panjang. Persamaan antara hewan dan tanaman yang ada di Australia, Irian Jaya, Nusa Tenggara dan Sulawesi merupakan bukti adanya hubungan tersebut. Juga terdapat hubungan sosial dan budaya. Cerita mengenai hubungan ini sudah lama dimulai dalam sejarah manusia. Namun sulit untuk mengatakan kapan tepatnya hubungan antara Australia-Indonesia itu dimulai.

Zaman Es
Pada Zaman Es, lautan antara Indonesia dan Australia lebih dangkal dan lebih sempit daripada sekarang. Australia menyatu dengan gugusan daratan di Irian dan Papua Nugini. Australia, Irian Jaya dan Papua Nugini membentuk sebuah benua yang disebut Sahul oleh para ahli geografi. Hubungan fisik antara Australia dan Irian Jaya saat itu pasti lebih mudah daripada sekarang. Zaman Es berakhir kira-kira 10.000 tahun yang lalu. Lautan antara Australia dan Indonesia melebar dan kawasan yang mengaitkan keduanya terendam di laut Arafura dan Laut Timor.

Baiini
Suku bangsa Yirrkala di Tanah Arnhem bercerita mengenai suatu suku bangsa yang disebut Baiini yang datang dari utara. Konon mereka datang dengan menggunakan perahu layar bersama keluarganya, lama sebelum hunian Eropa di Australia. Orang-orang Baiini tersebut membangun rumah-rumah dari batu dan kayu di daerah sepanjang pantai. Mereka menanam padi yang mereka sebut luda. Di samping itu, orang-orang Baiini tersebut menenun kain yang berwarna cerah yang disebut jalajal dan menggunakan sarung yang berwarna-warni. Menurut cerita, suku Baiini tersebut akhirnya meninggalkan Australia dan berlayar kembali ke utara, dan meninggalkan tanaman padinya. Saat ini ada semacam tumbuhan sejenis rumput di kawasan ini. Tumbuhan ini digunakan sebagai makanan oleh bangsa Aborijin.
Dimungkinkannya perjalanan melalui laut terjadi sejak dikembangkannya perahu kano yang kemudian menjadi perahu layar. Mungkin ini semakin memudahkan hubungan antara Indonesia dan Australia. Angin monsun barat laut membantu pelayaran dari Indonesia ke Australia. Ketika angin berubah arah, yakni pada awal musim monsun tenggara, maka dimungkinkan untuk berlayar kembali ke Indonesia.
Para nelayan Bugis dan Makasar secara teratur berlayar ke perairan Australia sebelah utara setidaknya sejak tahun 1650. Pelayaran ini mungkin dimulai pada masa Kerajaan Gowa di Makasar. Para pelaut Makasar dan Bugis ini menyebut Tanah Arnhem dengan sebutan Marege dan bagian daerah barat laut Australia mereka sebut Kayu Jawa.
Tidak seperti legenda Baiini, orang-orang Makasar dan Bugis tidak datang bersama keluarga mereka. Mereka berlayar dalam bentuk armada perahu berjumlah 30 sampai 60 perahu, dan masing-masing memuat sampai 30 orang. Tujuan mereka adalah untuk mencari ikan teripang yang kemudian mereka asapi. Kemudian mereka membawa ikan teripang itu kembali ke Sulawesi, dan selanjutnya diekspor ke Cina. Perjalanan mereka itu disesuaikan waktunya supaya mereka tiba di pantai utara Australia pada bulan Desember, yakni awal musim hujan. Mereka pulang di bulan Maret atau April, yakni akhir musim hujan. Para nelayan ikan teripang itu membangun rumah-rumah sementara, menggali sumur dan menanam pohon-pohon asam. Hutan kecil pohon asam tersebut masih ada sampai saat ini. Banyak orang-orang Aborijin yang bekerja untuk para nelayan teripang tersebut, mempelajari bahasa mereka, menggunakan kebiasaan menghisap tembakau, membuat gambar perahu, mempelajari tarian mereka dan ‘meminjam’ beberapa kisah yang mereka ceritakan. Beberapa orang Aborijin ikut berlayar dengan para nelayan itu pada saat mereka pulang ke Sulawesi, dan kembali ke Australia pada musim monsun berikutnya, dan beberapa di antaranya ada yang menetap di Sulawesi. Pengaruh orang Bugis dan Makasar masih dapat dilihat dalam bahasa dan kebiasaan yang digunakan oleh orang-orang tersebut pada saat ini.

Kedatangan Bangsa Eropa
Tahun 1788 sampai dengan tahun 1901 merupakan zaman penjajahan Inggris. Negara-negara bagian di Australia diperintah oleh para gubernur yang ditunjuk oleh Pemerintah Inggris. Pada saat itu, Indonesia berada di bawah jajahan Belanda. Hubungan antara Australia dan Indonesia dikendalikan oleh Inggris dan Belanda. Sejak tahun 1790 dan seterusnya, Belanda dan Inggris memperluas perdagangan mereka di seluruh dunia. Mulailah berkembang jalur pelayaran tetap antara Australia dan Indonesia.
Pemukiman Eropa yang pertama di Australia adalah di kawasan yang kemudian disebut Sydney. Persediaan makanan merupakan hal yang penting bagi kelangsungan hidup para pemukim pertama ini. Pada tahun-tahun pertama pemukiman, para pemukim bergantung kepada persediaan makanan yang dibawa dari Eropa melalui perahu layar. Pada saat itu persediaan makanan seringkali dibawa dari Jawa. Oleh karena itu, mulailah terjadi hubungan terawal antara orang Eropa di Australia dengan pulau-pulau di Indonesia.
Kapal pertama yang datang di Sydney dari Indonesia adalah kapal Waaksamheyd pada tahun 1790. Kapal itu membawa persediaan makanan dari Batavia (nama Jakarta pada saat itu). Persediaan makanan itu mencakup:
• 171 ton daging sapi
• 172 ton daging babi
• 39 ton tepung
• 4.500 kg gula
• 31.000 kg beras
Pada pelayaran pertama yang dilakukan oleh Waaksamheyd ke Sydney ini, banyak awak kapal Indonesia yang terkena sakit demam, dan 16 di antaranya meninggal. Pelayaran perdagangan ini sulit dan berbahaya. Banyak kapal Belanda yang juga terdampar di sepanjang garis pantai barat di Australia pada perjalanan mereka dari Eropa ke Batavia.
Perdagangan teripang berlanjut selama Abad ke-19, yang bebas dari pengendalian Inggris maupun Belanda. Ikan, tiram mutiara, kerang jenis trokus, kura-kura, dan kayu dalam jumlah terbatas juga telah dikumpulkan oleh para nelayan Indonesia tersebut. Para pemukim Eropa di Australia Utara mengimpor ternak banteng dari Indonesia dan mereka mencoba membuat industri daging sapi. Usaha ini tidak berhasil. Kemudian kerbau diimpor juga. Kedua jenis hewan ini sekarang masih ada di Australia bagian utara.
Sejak awal 1970-an Indonesia telah menjadi tujuan utama wisata bagi orang Australia. Penerbangan Garuda, Qantas, Sempati dan Merpati mengangkut penumpang dari Australia ke Indonesia dan sebaliknya. Australia telah menjadi sumber wisatawan yang penting bagi Indonesia. Bali merupakan propinsi yang paling dikenal. Ada sebuah lagu populer di Australia berjudul “I’ve been to Bali too” (Saya juga pernah ke Bali). Sekarang, orang Australia mulai tertarik mengunjungi daerah-daerah lain di Indonesia. Semakin banyak yang mulai mengunjungi kota-kota, seperti Jakarta, Medan, Yogyakarta, Surabaya, Ujung Pandang dan Kupang, selain Denpasar. Kepariwisataan telah menjadi cara yang penting untuk meningkatkan pengetahuan orang Australia tentang bahasa dan budaya Indonesia.

Peristiwa Timor Timur
Peristiwa-peristiwa sekitar integrasi Timor Timur dengan Indonesia pada tahun 1976 telah ikut memegang peranan dalam hubungan Australia-Indonesia. Sesudah Portugis meninggalkan bekas daerah jajahannya tersebut di tahun 1975, terjadi perselisihan di antara berbagai kelompok politik di Timor Timur. Angkatan bersenjata Indonesia memasuki Timor Timur pada bulan Desember 1975 dan kawasan ini menjadi satu dengan Republik Indonesia di tahun 1976. Hal ini menyebabkan perdebatan di Australia. Australia mengakui kedaulatan Indonesia atas Timor Timur secara de jure tahun 1979.
Dinamika politik dalam negeri Indonesia telah berubah secara dramatis dengan jatuhnya Pemerintahan mantan Presiden Soeharto. Di bulan Januari 1999, diumumkan bahwa Indonesia akan menawarkan otonomi kepada Timor Timur. Jika rakyat Timor Timur menolak tawaran ini, maka Indonesia akan menerima pemisahan diri Timor Timur dari Republik Indonesia. Pada tanggal 5 Mei 1999, Perserikatan Bangsa-Bangsa (PBB), Indonesia dan Portugis menandatangani Perjanjian Tripartit yang menyatakan bahwa PBB akan menyelenggarakan jajak pendapat di Timor Timur. Rakyat diminta memilih apakah Timor Timur tetap menjadi bagian dari Indonesia ataukah Timor Timur menjadi negara merdeka. Pada tanggal 30 Agustus 1999, rakyat Timor Timur memilih merdeka.
Pengumuman hasil pemilihan umum tersebut diikuti dengan kekerasan yang meluas oleh unsur-unsur pro-integrasi. Kekuatan internasional di Timor Timur atau International Force in East Timor (disingkat INTERFET) dikirim ke Timor Timur.
Pada tanggal 20 Oktober, Majelis Permusyawaratan Rakyat (MPR) mencabut keputusan penyatuan Timor Timur dengan Indonesia. Peristiwa-peristiwa ini telah menimbulkan ketegangan dalam hubungan Australia-Indonesia.
Peristiwa di Timor Timur telah ditanggapi oleh Australian Council of Trade Union (ACTU) dengan menyerukan pemboikotan perdagangan dengan Indonesia. Aksi boikot juga dilakukan oleh Maritime Union of Australia (MUA), yang melarang pembongkaran dan pemuatan barang-barang dari dan dengan tujuan Indonesia di pelabuhan-pelabuhan Australia. Akibatnya tumpukan peti kemas asal Indonesia dan yang akan dikirim ke Indonesia terbengkalai di berbagai pelabuhan Australia.
Ketegangan pun muncul. Rasa anti-Australia merebak di seluruh lapisan masyarakat. Para pengusaha Indonesia sangat tersinggung dan marah. Gabungan Importir Nasional Seluruh Indonesia (GINSI) menyatakan boikot impor dari Australia, kemudian Asosiasi Pulp dan Kertas Indonesia (APKI) berusaha mengalihkan impor pulpnya dari Australia. Berbagai asosiasi lainnya seperti produsen terigu dan tekstil mengikuti jejak yang sama untuk mengimpor gandum dan kapas dari negara lain.

Peristiwa Pemberian Visa
Peristiwa pemberian visa sementara kepada 42 warga negara Indonesia pada bulan Maret 2006 semakin menambah ketegangan hubungan antara Indonesia dengan Australia. Kedatangan 42 penduduk asal papua yang mencari suaka dengan alasan terancam pembantaian. Pemerintah Australia melalui imigrasinya menyambut mereka dengan memberikan visa sementara. Ketegangan hubungan ini semakin mengkhawatirkan. Reaksi anti Australia muncul di kalangan masyarakat Indonesia. Pemerintah Indonesia memanggil pulang Duta Besarnya di Australia, Hamzah Thayeb.

Pro dan Kontra
Pemerintah Indonesia mulai menunjukkan rasa kekhawatiran karena impor gandum Indonesia dari Australia mencapai 50 persen dari kebutuhan nasional. Nilai impor gandum dari Australia, menurut BPS, pada tahun 2004 mencapai 546 juta dolar AS. Berbagai kalangan merasa langkah pemerintah yang takut akan kekurangan pasokan gandum dari Australia terlalu berlebihan, menurut mereka banyak negara sahabat produsen gandum dengan tangan terbuka akan mengganti pasokan gandum dari Australia. Berbagai kalangan menyesalkan karena pemerintah yang tidak aktif memfasilitasi dunia usaha untuk melepaskan dominasi dari Australia dan mencarikan alternatif lain. Perdagangan Indonesia dengan Australia, menurut beberapa sumber statistik, menunjukkan bahwa impor dari Australia untuk komoditi nonmigas menempati peringkat nomor enam dengan nilai US$ 1,971 miliar (2004), dan ekspor Indonesia pada tahun yang sama nilainya US$ 1,156 miliar atau peringkat ke 15.
Komoditi utama yang diimpor ialah gandum, terigu, kapas, sapi hidup, daging, aluminium, dan gula. Sudah beberapa tahun ini anggur (wine) Australia telah masuk ke pasar dalam negeri melalui berbagai supermarket, restoran, kafe, dan hotel.

Pengertian perdagangan dalam ilmu ekonomi adalah suatu proses tukar menukar yang didasarkan atas kehendak sukarela dari masing-masing pihak. Aspek sukarela ini penting karena memiliki implikasi fundamental, hal ini dilakukan apabila setiap pihak memperoleh manfaat dan tidak ada pihak yang merasa dirugikan. Motif pertukaran adalah adanya manfaat dari perdagangan atau “Gains from trade”
Total perdagangan antara Indonesia (2000 – 2005) mencapai sebesar US$ 4,79 milyar. Sedangkan ekspor Indonesia ke Australia mencapai US$ 2,23 milyar. Impor Indonesia dari Australia mencapai US$ 2,57 milyar, sehingga Indonesia defisit sebesar US$ 0,34 milyar.
Menurut laporan atase perindustrian dan perdagangan Australia pada Februari 2005, total perdagangan Australia dan Indonesia pada periode Januari-Februari 2005 mencapai US$ 888 juta menunjukkan peningkatan sebesar 15,34% atau sebanyak US$ 118 juta dibanding periode yang sama tahun 2004, dengan rincian ekspor Australia ke Indonesia sebesar US$ 406 juta, atau naik 45,08% sedangkan impor Australia dari Indonesia mengalami sedikit penurunan yaitu sebesar 1,66% (dari US$ 490 juta menjadi US$ 482 juta). Impor Australia dari Indonesia pada periode Januari-Februari 2005 ini terdiri dari migas US$ 244 juta mengalami peningkatan 202,69% dibanding periode yang sama tahun sebelumnya, sedangkan non-migas sebesar US$ 238 juta mengalami penurunan sebesar 41,84%. Neraca perdagangan Indonesia – Australia pada periode ini, surplus bagi Indonesia sebesar US$ 75 juta.
Dari 41 produk non-migas yang diamati perkembangan ekspornya ke Australia selama periode Januari-Februari 2005, ada 23 produk yang mengalami peningkatan ekspor, 17 produk lainnya menurun ekspornya dan 1 produk tidak mengalami peningkatan maupun penurunan ekspor. Dari ke-23 produk yang mengalami peningkatan ekspor dibandingkan tahun sebelumnya tersebut, ada 8 jenis produk yang mengalami peningkatan ekspor di atas US$ 1 juta diantaranya yaitu : Barang-barang Kayu dan Gabus SITC 63 (meningkat US$ 8,87 juta), Kayu dan Gabus SITC 24 (meningkat US$ 5,99 juta), Barang-barang logam lainnya SITC 69 (meningkat US$ 3,4 juta), Mesin Listrik, Aparat dan Alat-alatnya SITC 77 (meningkat US$ 2,84juta), Besi dan Baja SITC 67 (meningkat US$ 2,75 juta), dll.
Dari 17 jenis produk yang mengalami penurunan pada periode Januari-Februari 2005 dibanding periode yang sama tahun sebelumnya, maka jumlah produk yang menurun lebih dari US$ 1 juta, ada 6 jenis produk, yaitu : Emas Non Moneter SITC 97 (turun US$ 74,68 juta), Kertas, Kertas Karton dan Olahannya SITC 64 (turun US$ 12,35 juta), Alat Telekomunikasi SITC 76 (turun US$ 7,33 juta), Biji Logam dan Sisa-sisa SITC 28 (turun US$ 2,92 juta), Barang-barang Mineral dari Bukan Logam SITC 66 (turun US$ 1,62 juta) dan Genset dan Perlengkapannya SITC 71 (turun US$ 1,4 juta).
Komoditi dengan nilai penurunan ekspor terbesar dibandingkan periode yang sama tahun sebelumnya adalah SITC 97 (Emas Non Moneter) turun sebanyak US$ 74,68 juta dengan persentase penurunan sebesar 65,97%. Adapun pesaing utama komoditi ini adalah Korea Selatan, Papua New Guinea, Fiji, Singapura dan Malaysia. Sedangkan Komoditi dengan persentase penurunan terbesar dibandingkan periode yang sama tahun lalu adalah SITC 28 (Biji Logam dan Sisa-sisa) sebesar 67,98%.
Indonesia mengimpor beberapa komoditi berupa gandum, sapi, susu bubuk, makanan bayi, raw sugar, anggur, apel, kentang, wortel, biji-bijian, serta makanan olahan seperti mentega, keju, dan yoghurt. Sedangkan Australia mengimpor beberapa komoditas dari Indonesia seperti kopi, bumbu-bumbuan, makanan olahan, migas, dan furnitur.
Manfaat utama melakukan perdagangan dengan Australia adalah karena secara geografis Australia merupakan negara yang bersebelahan dengan Indonesia. Karena letak yang berdekatan inilah, biaya transportasi relatif lebih murah.
Bagi Australia sendiri, perdagangan dengan Indonesia memiliki manfaat. Australia dapat memperoleh hasil alam seperti migas dengan biaya transportasi yang relatif murah.
Total nilai perdagangan Australia dengan Dunia pada periode Januari-Februari 2005 sebesar US$ 31,59 milyar menunjukkan peningkatan sebesar 14,42% dibanding periode yang sama tahun sebelumnya dan neraca perdagangannya mengalami defisit sebesar US$ 2,83 milyar dalam perdagangan luar negerinya. Dalam periode tersebut nilai ekspor Australia ke Dunia sebesar US$ 14,38 milyar atau naik 14,11%, dan impor sebesar US$ 17,21 milyar atau naik 14,69%.
Menurut laporan duta besar Indonesia untuk Australia, Imron Cotan, pada Desember 2004, dalam bidang ekonomi, Australia adalah salah satu negara yang memiliki perekonomian terbaik di dunia. Hal ini merupakan salah satu faktor pendorong bagi Indonesia untuk meningkatkan kerjasama guna membantu perekonomian Indonesia keluar dari krisis sejak tahun 1997. Dalam bidang perdagangan, terdapat beberapa sinyal positif yang menandai kemajuan perdagangan kedua negara. Pada tahun 2003, perdagangan Indonesia – Australia mencapai 6,7 miliar A$ (4,46 miliar US$, meningkat 11% dibandingkan tahun 2002). Nilai ekspor Indonesia mencapai 4,053 miliar A$ (2,65 miliar US$) sementara nilai impor dari Australia mencapai 2,762 A$ (1,8 miliar US$). Dengan demikian pada tahun 2003 Indonesia menikmati surplus dalam perdagangannya dengan Australia sebesar 1,291 miliar A$ (846 juta US$). Patut pula dicatat bahwa ‘Official Development Aid’ (ODA) Australia untuk Indonesia adalah A$ 160.8 juta terbesar kedua setelah Papua Nugini yang menerima sekitar A$ 300 juta. Saat perekonomian Indonesia didera krisis sejak tahun 1997, sekitar 400 perusahaan Australia yang beroperasi di Indonesia tetap mempertahankan roda bisnisnya dengan mitra mereka di Indonesia. Nilai investasi perusahaan-perusahaan Australia ini cukup berarti bagi Indonesia. Belajar dari pengalaman sejak krisis ekonomi tahun 1997, Pemerintah RI telah menerapkan sebuah sistem ekonomi berorientasi pasar yang kuat, dalam upaya melepaskan diri dari krisis secara bertahap. Hasilnya dalam beberapa tahun terakhir tingkat inflasi dan tingkat suku bunga cukup rendah, cadangan devisa menguat, sehingga menciptakan lingkungan yang kondusif bagi pertumbuhan ekonomi Indonesia. Nilai tukar rupiah terhadap US$ juga menunjukkan kecenderungan yang semakin stabil. Di samping itu, pertumbuhan PDB Indonesia telah melampaui perkiraan pemerintah dan kebanyakan analis, yaitu 4,1% pada tahun 2003 dan diharapkan akan meningkat hingga 5% pada tahun 2004. Tingkat inflasi menurun drastis dari lebih 10% pada tahun 2002 menjadi 5,1% pada akhir tahun 2003 dan menunjukkan trend yang cukup rendah pada tahun 2004. 
Hubungan antar negara sudah bukan hal yang dapat dihindari lagi, tidak ada negara yang dapat hidup sendiri. Sebagai negara yang bersebelahan dengan Indonesia, hubungan dengan Australia harus dapat dipertahankan.
Hubungan perdagangan Indonesia dengan Australia mencakup impor gandum, sapi, susu bubuk, makanan bayi, raw sugar, anggur, apel, kentang, wortel, biji-bijian, serta makanan olahan seperti mentega, keju, dan yoghurt. Sedangkan Indonesia mengekspor kopi, bumbu-bumbuan, makanan olahan, migas, dan furnitur. Total perdagangan antara Indonesia pada tahun 2005 mencapai sebesar US$ 4,79 milyar.
Peran pemerintah untuk mendukung iklim hubungan perdagangan dengan Australia sangat penting. Hubungan yang kurang baik akan mendatangkan kerugian di kedua belah pihak. Akibat ketegangan hubungan Indonesia Australia, lima puluh ribu wisatawan Australia membatalkan wisatanya ke Bali tahun 1999. Industri pariwisata Indonesia kehilangan banyak pemasukan, sementara kekosongan turis Australia ini sulit dicari gantinya dari negeri lain. Produsen dan buruh gerabah di Desa Kasongan, Yogyakarta, dapat kehilangan penghasilan karena barang mereka terhambat terjual di Australia akibat boikot buruh Australia. Apabila impor kapas Australia dihentikan maka produsen tekstil harus mengimpornya dari Amerika Serikat. Harganya bisa lebih mahal karena ongkos kirimnya pasti lebih mahal karena jaraknya yang lebih jauh. Kalau biaya transportasi mahal, maka harga jual akan mahal juga.